Агент Фил Колсон набирает группу для борьбы с преступной организацией "Rising Tide", одновременно сталкиваясь с новой угрозой, когда в Нью-Йорке начинают появляться сверхлюди, подопытные проекта "Сороконожка". Щ. И. Т. выходит на след эксцентричного борца за свободу информации Скай, которая соглашается вступить в ряды организации и в команду Колсона.