Кюбэй обещает Мадоке что теперь, когда в ней переплелось множество миров, он может исполнить любое, даже самое невероятное желание. В ответ Мадока желает уничтожить всех ведьм, как в прошлом, так и в будущем, еще до того как они родятся. Хотя Кюбэй шокирован желанием, идущим против основ вселенной, он исполняет его. В итоге Мадока становится божеством, берущим на себя скорбь волшебниц, до того как они станут ведьмами. Теперь, вместо того чтобы перерождаться в ведьм, они просто исчезают. Однако на смену ведьмам пришли новые враги, с которыми должны сражаться волшебницы, а из вселенной исчезли все свидетельства существования Мадоки и лишь Хомура помнит о ней.