Дандзо и Хандзо решают ликвидировать организацию, стереть ее с лица земли. Для этого Хандзо заключает якобы мирный договор с Акацуки, а параллельно его люди похищают Конан. Нагато и Яхито не подозревают о случившемся и уезжают на встречу с главой Амэгакурэ. Оставшиеся члены Акацуки узнают, что на встречу к Хандзо идут члены Корня АНБУ Конохи. Они хотят предупредить Нагато и Якито, но не успевают - их убивают "Мадара". На встрече Хандзо предлагает Нагато сделать выбор: или они убивают Конан, или Нагато сам убивает Яхито. Яхито делает выбор за него - специально натыкается на кунай Нагато и умирает. Нагато в ярости - он призывает Гэто Мадзо и истребляет всех врагов. Освободив Конан, вместе с ней Нагато отправляется к идеалам Обито, а Яхито назначает лидером новых Акацуки.