Андрей Козырев (Алексей Серебряков), в прошлом - секретный агент, а ныне несправедливо осужденный за убийство человек, получает шанс изменить свою жизнь и все исправить. Он совершает побег из колонии и отправляется на поиски своего врага, в руках у которого оказался вирус, способный уничтожить миллионы людей. Кривой поворот его судьба сделала несколько лет назад. Тогда Андрей совместно со своим начальником генералом Даниловым (Юрий Беляев) были заняты расследованием дела о производстве нового мощного вируса. Им стало известно, что в процесс разработки вируса был вовлечен их коллега, Самсонов (Илья Шакунов). Попытка героев сериала "Агент" остановить этого экспериментатора оказалась неудачной. В результате покушения, устроенного Самсоновым, погибли дочь и жена Козырева, а сам он, после странного взрыва, при котором погиб Самсонов, попал на 15 лет за решетку по обвинению в его убийстве. Но теперь в городе выявлен штамм вируса, над которым в свое время работал Самсонов. И тогда Данилов решает помочь своему другу и коллеге бежать из тюрьмы и вернуть его на службу. Так появляется новый секретный агент - Андрей Зотов, который должен выяснить, где расположен источник вируса. Вскоре герою телесериала становится понятно, что за всем происходящим стоит не кто иной, как Самсонов, который отнюдь не погиб несколько лет назад. Разбираясь в обстоятельствах этого странного и запутанного дела, Андрей знакомится с девушкой по имени Настя (Агния Дитковските), удивительно похожей на его погибшую жену. Насте нужна помощь, и Андрей разрешает ей некоторое время пожить у него. Чем больше он узнает эту девушку, тем все большей симпатией к ней проникается. Настя умна, большой знаток компьютерных технологий и специалист по взламыванию защищенных сайтов, что порой очень нужно в его работе. Но есть нечто в Насте такое, что заставляет героя сериала "Агент" пристальней вглядеться в его новую возлюбленную.
