Давным-давно инопланетяне из разных частей Вселенной прилетели на Землю. Их целью было создание мощнейшего биологического оружия для ведения инопланетных войн. С этой целью они создали на Земле жизнь и стали постепенно выводить всё новые виды живых организмов. Так появились все растения и животные, населяющие Землю, а также и человек. Но человек не был конечным продуктом эволюции: инопланетяне создали зоаноидов - генетически изменённых людей, которые могут трансформироваться в сильных и мощных монстров. Зоаноиды подчинялись телепатическим сигналам инопланетян, и они могли управлять Зоаноидами по своему усмотрению. Но однажды инопланетяне создали Гайвера - это был еще один вид биологического оружия, представляющий из себя биомеханическую броню. Возвращаясь домой, ученики Сё Фукамати и Мицуки Сигава случайно нашли один из трех блоков Гайверов, которые были украдены у корпорации Кронос. Затем на Сё и Мицуки напали зоаноиды, и блок Гайвера случайно активировался с Сё, превратив его в Гайвера, с помощью которого Сё смог быстро победить нападавших на него и Мицуки зоаноидов. Тем временем девушка, работающая в корпорации Кронос, детектив Валькирия завладела вторым блоком и стала Гайвером 2. Она похитила Мицуки, чтобы выманить Сё и завладеть Гайвером 1.