После событий сериала "Группа "Зета" его главный герой, Алексей Трофимов (Олег Штефанко), намеревается жить спокойной жизнью вместе с любимой женщиной. Но планам его не суждено сбыться. Для начала героя сериала "Группа "Зета": Фильм второй" арестовывают по обвинениям в незаконной деятельности, которую вела возглавлявшаяся им Группа Zeta. В тюрьму он попадает вместе со своим боевым другом и соратником Косенко. Порядки на зоне царят жестокие, и Тимофеев не желает с ними мириться. Так, ему становится известно, что уголовный авторитет Магадан получает с воли приказ убить заключенного Магомеда Межоева, осужденного за террористическую деятельность на Северном Кавказе. Тимофеев знает, что во время боевых действий в Чечне он и Межоев находились по разные стороны фронта, но, несмотря на это, не желает расправы над ним. Встав на его защиту, герой телефильма "Группа "Зета": Фильм второй" подвергает и свою жизнь смертельной опасности. Единственный выход из создавшейся ситуации - побег. Оказавшись на воле, Тимофеев и Косенко принимают предложение Межоева и находят укрытие у его влиятельного товарища Камала. Однако испытания группы на этом отнюдь не заканчиваются. Камал намерен шантажом и угрозами заставить Алексея работать на него. А планирует он взорвать одну из российских АЭС и получить за это солидное вознаграждение от зарубежных спонсоров международного терроризма. Только от Алексея и его товарищей зависит, смогут ли они сорвать планы преступника и остановить катастрофу.