Джон Ли Томпсон родился 1 августа 1914 года в Бристоле (Великобритания). Образование получил в Дуврском колледже. Свой творческий путь в искусстве он начинал как драматург, ему не исполнилось и двадцати лет, а уже две его пьесы были поставлены на сцене. Со временем Томпсон сам вышел на сцену, а в 1934 году дебютировал в кино как актер. Позже он занимался и сценарной работой. В годы Второй Мировой войны Джей Ли Томпсон служил в Королевских ВВС, ухитряясь при этом продолжать писать пьесы. После демобилизации он продолжил карьеру драматурга, а в 1950 году получил возможность поставить фильм по своему сценарию - "Убийство без преступления". Однако дебют прошел незамеченным, и лишь второй его фильм - "Желтый воздушный шар" (1951), - ставший кассовой удачей, позволил заявить о себе как о способном режиссере. Фильмы Томпсона 1950-х годов не снискали оглушительного успеха, но и провалами их нельзя было назвать. Он ставил комедии, мюзиклы, демонстрируя особый дар в жанре социальной драмы. Прорывом для режиссера послужила военно-приключенческая лента "Пушки острова Наварон" (1961), хотя постановщиком ее он стал в последний момент - продюсеры отказались от услуг прежнего режиссера фильма. Международный успех "Пушек... ", как у зрителей, так и у специалистов кино, открыл для Томпсона дорогу в Голливуд, где он и продолжил работу. При поддержке Грегори Пека режиссер осуществил постановку триллера "Мыс Страха" (1962), в котором главные роли исполнили Грегори Пек и Роберт Митчум. В дальнейшем работы режиссера были весьма неравнозначны по качеству, и ему так и не удалось достигнуть высот 1950-х годов - на каждое "Золото Маккены" (1968) находился свой "Греческий магнат" (1978). Отказавшись от постановки первой картины из цикла "Планета обезьян", он затем снял "Завоевание планеты обезьян" (1972) и "Битву за планету обезьян" (1973). Среди других фильмов Дж. Ли Томсона заслуживают упоминания такие ленты, как "Посол" (1984), "Копи царя Соломона" (1985), "Жажда смерти-4" (1987), "Кинжите" (1989), а также телефильм "Великая американская трагедия" (1972). Дж. Ли Томпсон не прекращал работать в кинематографе до последних своих дней. Скончался он от сердечной недостаточности 30 августа 2002 года в Канаде.