Родился 2 января 1936 года. В 1939 году после смерти репрессированного отца Петра Меркурьева, Евгения и еще троих братьев и сестер усыновил дядя, брат отца, известный артист Василий Меркурьев. В 1961 году Е.П. Меркурьев закончил Ленинградский государственный институт театра, музыки и кинематографии (ЛГИТМиК), класс профессора Б.В. Зона. По окончании института он был направлен в театр Петропавловска-на-Камчатке, затем работал в Ленинградском ТЮЗе, Областном театре драмы и комедии, Малом драматическом театре, Молодежном Театре на Фонтанке. В 70-х артист проработал в Театре на Литейном три года - с 1971 по 1974.В феврале 1987 года Е.П. Меркурьев был приглашен в труппу Драматического театра "На Литейном". Был занят в спектаклях "Гамлет", "Великая Екатерина", "Барышня-крестьянка", "Упырь", "Лес", "Вера, Надежда, Любовь (Карамболь)". Он снимался в фильмах "Счастливае дни", "Каменская", "За все надо платить", "Каменская -2", "Украденный сон", "Дикарка", "Женщина в игре без правил", "Три цвета любви", "Конвой PQ-17", "Сыщики", "Агентство НЛС", "Бандитский Петербург", "Я все решу сама", "Мастер и Маргарита", "Полумгла".Лауреат Государственной премии РФ в области литературы и искусства 1999 года - за спектакли Российского государственного академического театра драмы имени А.С. Пушкина (Александрийского) "P.S. капельмейстера Иоганеса Крейслера, его автора и их возлюбленной Юлии" (каденции на темы произведений В.А. Моцарта и Э.Т.А. Гофмана) и Государственного драматического театра на Литейном "Лес" по пьесе А. Островского. Заслуженный артист Российской Федерации (1996).Народный артист РФ (2006).Трагически погиб 27 марта 2007 года.