Майкл Кэтон-Джонс родился 15 октября 1957 года в Броксберне (Шотландия, Великобритания). Профессиональное образование он получил в Национальной киношколе в Лондоне, где одаренный студент привлек внимание канала BBC, и его пригласили на работу. После двух лет подготовки Майкл Кэтон-Джонс получил возможность для режиссерского дебюта - в 1987 году ему поручили поставить трехсерийный триллер "Brond". После еще одного телефильма он дебютировал в 1989 году уже как кинорежиссер, поставив по своему сценарию картину "Скандал" - основанную на реальных событиях историю известного шпионско-сексуального "дела Профьюмо", с Джоном Хэртом, Бриджет Фондой, Джоан Уэлли-Килмер и Иэном Маккеленом в главных ролях. Фильм был тепло принят критикой, сделал неплохие сборы и номинировался на ряд престижных премий, среди которых - "Золотая камера" Каннского фестиваля, "Золотой глобус" и "Оскар". Вскоре режиссер перебрался в США, где в 1990 году он снял военную драму "Мемфисская красавица" - о рейдах американских бомбардировщиков в Германию в конце Второй Мировой войны. Затем Кэтон-Джонс сменил жанр, в котором работал, и поставил приятную, хоть и не ставшую блокбастером, комедию "Доктор Голливуд" (1991), с Майклом Дж. Фоксом в главной роли. Следующей работой режиссера стала киноверсия автобиографической книги Тобиаса Вольфа "Жизнь этого мальчика" (1993), в которой главного героя сыграл Леонардо Ди Каприо, а его мать и отчима - Эллен Баркин и Роберт Де Ниро. Картина хоть и не стала большим успехом, но удостоилась благосклонных отзывов критики. В 1995 году на экраны вышла историческая драма "Роб Рой" - о национальном шотландском герое Роберте Рое Мак-Грегоре, образ которого на экране создал Лиам Нисон. Картина оказалась в тени "оскароносной" ленты Мела Гибсона "Храброе сердце" - вышедшей тогда же и посвященной другому герою Шотландии, хотя ряд критиков и отмечал, что работа Кэтона-Джонса лучше. Стоит отметить также прекрасно сыгранную в "Роб Рое" роль злодея в исполнении Тима Рота. Немало противоречивых откликов удостоился боевик "Шакал", с Брюсом Уиллисом и Ричардом Гиром в главных ролях. Он был поставлен Майклом Кэтоном-Джонсом в 1997 году по мотивам популярного романа Фредерика Форсайта "День шакала". На съемках криминальной драмы "Последнее дело ЛаМарки" (2002) режиссер вновь встретился на площадке с Робертом Де Ниро.