Сергей Мирошниченко родился 24 июня 1955 года в Челябинске. После окончания средней школы поступил во ВГИК на отделение документального кино в мастерскую профессора Кочеткова. Начиная с 1984 года, почти десять лет проработал на Свердловской киностудии. После перешёл на работу к Никите Михалкову. В 1988 году был назначен руководителем ВГИКОВской мастерской документального кино, а через год возглавил студию "Остров". Ещё в 1991 году был запущен совместный проект телекомпании "Останкино" и британской телекомпании "Granada Television" под названием "Рождённые в СССР". Он предполагал снимать истории жизни детей через каждые семь лет. Были отобраны двадцать семилетних ребятишек из разных социальных слоёв общества. И вот уже более 20 лет Мирошниченко следит за судьбами своих героев. Свой первый документальный фильм "Вот и вся жизнь" совместно с режиссёром Борисом Кустовым Сергей снял в 1984 году. В 1995 году на экраны вышла документальная картина "Убийство императора. Версии", за которую он получил приз "Ника" за лучший неигровой фильм. В 1998 году режиссёр снял картину о Николае II "Николай II: Круг Жизни", удостоенную Приза Британской Королевской академии "За лучший документальный фильм года". С 2000 года Мирошниченко представил на суд зрителей документальные ленты "Неизвестный Путин", "Солженицын: На последнем плёсе", "Георгий Жженов: Русский крест", "Слово", "Сумерки богов", "Валерий Гергиев Река жизни", "Валентин Распутин".