Ян Каунен родился 2 мая 1964 года в Утрехте (Нидерланды). Получил художественное образование, в 1988 году окончил Школу декоративного искусства в Ницце, где изучал искусство кино и анимации. Его дипломная работа была отмечена национальным дипломом - за пластическую выразительность. Затем Ян Каунен работал аниматором на датском телевидении, тогда же обратился к документальному кино, позже он стал ассистентом оператора в пресс-агентстве, снимал документальные фильмы и клипы. В 1989 году на фестивале фантастического кино в Авориазе Ян Каунен получил Гран-при за короткометражный фильм за свою дебютную игровую ленту "Gisele Kerosene". С 1990 года режиссер начал активно работать на ниве создания видеоклипов и рекламных роликов. На его счету работы для группы "Erasure", для компаний "Адидас", "Пежо", "Смирнофф", "Тойота", "Мико", "Натс" и др. В 1994 году, выступив одновременно как соавтор сценария и продюсер, Ян Каунен поставил короткометражный фильм "Вибробой", который привлек к себе внимание необычным видеорядом и провокационностью. Затем он поставил музыкальную короткометражку "Последняя Красная Шапочка" (1996), с участием Эммануэль Беар. В 1997 году Ян Каунен снял свой первый полнометражный фильм - криминальный экшн "Доберман", получивший мировую известность. В 2004 году режиссер выпустил свой новый фильм - мистический вестерн "Блуберри", с Венсаном Касселем в главной роли. В ходе подготовительного периода режиссер увлекся шаманизмом - так что даже предпринял несколько путешествий в Амазонию, где провел немало времени с шаманом индейского племени шипибо-кунибо. На основе снятых материалов о шаманистических практиках в 2003 году Каунен смонтировал полнометражный документальный фильм "Иные миры".